江南百景图的大运河分两处，一是杭州府北侧的运河水域，二是扬州府漕运码头通往的大运河漕运专属地图，两处均为游戏内大运河的核心呈现区域。
杭州府的大运河位于城市地图的左上角区域，是整条河道最宽的水域，整体呈横向延伸状态。商栈建筑必须沿此运河建造，且商栈右上角三格需完全置于运河水面之上，才能满足建造条件。杭州府大运河沿岸最多可摆放四座商栈，是触发商栈玩法的核心区域，商栈分为文化、建材、特产、便民四种类型，每种商栈需搭配对应店铺并升至四级方可激活，文化商栈需画室、伞店、瓷器店各两座，建材商栈需家具铺、瓦片店、花窗店各两座，特产商栈需灯笼店、折扇店、团扇店各两座，便民商栈需油店、药铺、成衣店各两座，不同商栈可产出对应资源与大量铜钱，是杭州府经济收益的关键来源。
扬州府的大运河则通过漕运码头进入，漕运码头位于扬州东城门外，需先修复码头废墟才能解锁进入入口。进入后会开启独立的大运河漕运地图，以扬州府为起始点，整条大运河航道上分布着数十个码头事件点，涵盖探险、制作、农牧等多种任务类型。漕运玩法核心依赖司南道具，每日完成任务可获取司南，转动司南能随机获得通航步数，步数可累积，最多可存九十九步。玩家消耗步数可操控漕船前往不同码头，完成码头事件能获取玉石、粟米、油墨等生产原料，以及篷布、大铁钉等升级漕运码头的材料，部分码头还会产出连票，用于解锁大运河新航路与漕运商会兑换道具。
大运河漕运玩法中，航线会逐步解锁，从扬州出发可逐步探索至更北方的水域，解锁济宁府等新航路剧情。航行过程中漕船可能触发触礁事件，可使用漕运加速票快速解决，也可等待冷却时间结束。每个码头事件存在冷却时间，需合理规划航行路线，优先前往急需资源的码头，避免步数浪费。漕运商会可兑换各类稀有建筑、家具与生产材料，是提升城市建设与装饰的重要途径，大运河漕运也是获取铜钱、稀有道具的核心渠道，能大幅推动扬州府与整体城市的发展进度。
