综合强度、适用性及后期潜力来看，九阳神功、易筋经、纯阳无极功等顶级内功的归属门派更具优势。少林派的易筋经、武当派的纯阳无极功以及明教的九阳神功是游戏中公认的顶尖内功，其属性加成、战斗效果和兼容性均远超普通内功。若以门派划分，少林、武当、明教是内功修炼的首选，而古墓派的玉女心经和峨眉派的九阴真经则在特定流派中表现突出。
少林派的内功体系以易筋经为核心，搭配少林心法可大幅提升防御与气血恢复能力。易筋经不仅能增强角色基础属性，还能兼容多种外功招式，尤其适合拳系和棍法流派。少林弟子通过后山修炼和初祖庵任务可快速获取易筋经，配合韦陀棍或大力金刚指等外功，能形成攻守兼备的作战风格。少林心法与九阳神功存在联动效果，进一步强化内功收益。
武当派的纯阳无极功是调和型内功的代表，兼具攻击与防御增益，尤其适合太极剑、太极拳等柔性武学。该内功可通过武当九阳功过渡修炼，最终解锁纯阳无极功的完整效果。武当弟子在剧情中可习得太极神功，与纯阳无极功叠加后能显著提升内劲威力。武当内功的优势在于稳定性高，适合长期战斗和消耗战，但需注意其对门派路线的限制。
明教的九阳神功是游戏中爆发力最强的内功之一，尤其适合阳性或调和属性的角色。九阳神功可大幅提升攻击力与内力恢复速度，配合降龙十八掌等刚猛外功时效果尤为显著。明教弟子在剧情中可解锁乾坤大挪移，与九阳神功形成互补，进一步增强生存能力。九阳神功的劣势在于修炼门槛较高，需完成特定任务并积累足够属性点才能发挥全部潜力。
古墓派的玉女心经和峨眉派的九阴真经虽非全能型内功，但在特定流派中表现卓越。玉女心经注重闪避与连击，适合高身法角色；九阴真经则偏向阴柔路线，与白骨爪、九阴白骨爪等外功搭配时可触发额外效果。这两类内功的强度取决于玩家对流派的理解与操作，适合追求战术多样性的玩家选择。少林、武当、明教的内功综合强度最高，适合大多数战斗场景。玩家需根据角色属性、外功搭配及个人偏好选择门派，同时注意内功与外功的联动效果，才能最大化战斗力。
